康熙帝的至孝也没有能够挽救祖母孝庄皇后的性命。康熙二十六年十二月二十五日（1688年1月27日）子刻，孝庄皇后永远闭上了眼睛，结束了她丰富多彩的曲折人生，享年75岁。康熙帝悲恸欲绝，出于对祖母的敬爱与思念，大办丧事，破了许多祖制和旧例。

割发辫

清制，只有先帝驾崩，嗣皇帝才能割发辫。皇后（包括皇太后、太皇太后）丧，皇帝例不割辫。孝庄皇后崩逝后，礼部以孝端皇后、孝康皇后、仁孝皇后（孝诚皇后）、孝昭皇后丧时，皇帝均未割发辫为例，奏请皇上不要割辫。康熙帝拒绝道：“从前后丧，虽无割辫之例，太皇太后教育深恩，朕不能报，朕已立意割辫。”皇太后（孝惠皇后）闻听皇帝要割辫，出面劝阻说：“太皇太后不豫时，曾向予云‘我病若不起，皇帝断勿割辫。’应谨遵行。”康熙帝还是不听，毅然割了发辫。

孝服用布

满洲旧制，国有大丧，皇帝及宗室公以上，孝服俱用素帛（白纺丝）。而这次孝庄皇后丧事，康熙帝一改旧制，谕令“今孝服俱改用布”。

停灵逾年

满洲旧俗，“年内丧事不令逾年”，就是棺椁必须在年前移出宫外。孝庄皇后死于腊月二十五日，大臣们议定于腊月二十九日卯时将孝庄皇后梓宫移出宫外。康熙帝认为梓宫在宫内停留的时间太短，令钦天监另择日期。众臣仍坚持原定日期，康熙帝反驳说：“尔等所云忌讳，祇为朕躬。朕殊不避忌。朕前祷天坛，尚欲减朕年以增太皇太后之寿，岂以梓宫逾年发引，顾有避忌之理乎？如有所忌，朕躬当之。否则，忌讳之说虚诞不足信，亦可以破后人之疑，使皆以朕为法也。”康熙帝亲自决定于正月十一日将梓宫移出宫外。

皇帝除夕、元旦不回宫

除夕是一年之末，素有避忌之例；元旦乃新岁首，天地人协吉之辰，为吉祥之日。按惯例，即使在大丧期间，皇帝在这两天也要回宫。康熙帝自孝庄皇后有病以来，一直住在慈宁宫。除夕前，群臣一再叩请皇帝回宫。康熙帝说：“人主宫殿原多，可以因时移跸。若在庶民，遭此大故，所居止于一室，又迁避何所？回宫断不可行。”又说：“朕不幸当此大故，设太皇太后之变恰遇二十九、三十日，将若之何？亦惟有聚集此处，岂可他避耶？”众臣又请皇太后出面劝阻，也无济于事。最后，为了给皇太后和大臣们一点面子，康熙帝答应移到慈宁宫前院，住在皇子们守丧的帐篷内为祖母守灵，但仍未回自己的寝宫。

皇帝在孝庄皇后梓宫发引后不立即回宫

孝庄皇后梓宫于康熙二十七年正月十一日暂安于朝阳门外殡宫。按惯例，梓宫安奉殡宫后，皇帝就应回宫，可康熙帝为了便于祭祀，免去来回奔波之累，想住在殡宫，遭到了群臣的反对和不断的跪请苦劝。康熙帝坚持己见，在殡宫住了三天。最后在群臣的一再坚请下，才勉强回宫。但并未回住乾清宫，而是住在了乾清门外的帐篷内，直到正月二十二日行完释服礼后才回宫，仍居偏殿。

丙辰日不停止奠酒

按照旧制，丙辰日，梓宫前应停止奠酒。康熙二十七年四月十四日为丙辰日。当时孝庄皇后的梓宫正在奉移东陵（遵化）途中。十三日，礼部奏请皇上明日停止早晚奠酒及随行，皇长子亦应停止；皇太后及妃嫔等，亦应停止往诣，遣王代奠。康熙帝说：“朕素日概无避忌。前在京时，皇太后屡遣传谕，辰日停止往诣。皇太后之旨，不可违悖，故勉停一日。今送梓宫至此，不但辰日，虽有甚于此者，岂有停止之理乎？”于是，康熙帝于十四日照旧在孝庄皇后梓宫前奠酒、举哀、行礼，步随恸哭仍如前。

忌辰祭祀按四时大祭礼举行

清初，皇帝、皇后的忌辰（人死的日子）均为小忌，不请神牌，不献帛爵，不读祝文。康熙三十六年（1697年）十月，康熙帝以“暂安奉殿，非系山陵，地方既近”为理由，谕令嗣后凡孝庄皇后忌辰致祭，“著照四时大飨礼行”。