바이에른의 팀 휘장은 독일과 세계에서 가장 유명한 표지이다. 통계에 따르면 독일인의 약 87%, 프랑스인의 89%, 영국인의 75% 가 이 기호를 알고 있다. 바이에른은 192 1 부터 팀 로고를 사용하기 시작했지만, 당시 기호는 문자 F.C.B 와 M 밖에 없었고, 나중에는 승리를 대표하는 월계화로 둘러싸인 글자로 변해 갔다. 시간이 지남에 따라 월계수 화환은 승리를 대표하는 월계수 화관으로 대체되었다. 1954 부터 클럽은 백자에 화환과 클럽 색상을 나타내는 흰색 정사각형의 로고를 팀 로고로 사용했다. 빨간색과 흰색은 클럽의 색이고, 파란색과 흰색의 작은 사각형은 헨이라는 자유도시의 상징이다. 원래 클럽 뒤의 E.V 는 대표협회의 상징이었지만 2002 년 2 월부터 클럽이 주식회사로 개편돼 FC Bayer Munchenev 의 마지막 두 글자 EV 가 취소되었다.