지분 담보의 위험은 (1) 지분 담보의 보증 기능이 간접적이라는 것이다. 담보지분이 있는 회사의 재산은 회사에만 속하며, 질권자나 출질인 주주에 속하지 않으며, 질권자는 담보가 성립된 후 담보재산에 대한 관리와 통제를 직접 얻을 수 없다. (2) 담보 지분 가치의 변동. 담보를 설립할 때는 당시의 시장 가치를 바탕으로 했지만, 경기 침체와 같은 문제가 생기면 당시 지분 가치는 지분 담보를 실현할 때의 가치와 다를 것이다. (3) 출질인과 회사의 도덕적 위험은 담보가치의 평가절하로 이어지기 쉽다. (4) 지분 담보는 지분불량 후 채권 보상의 폐단을 벗어날 수 없다. 민법전 제 428 조에 따르면, 질권자와 출질인은 채무자가 채무 이행 기간이 만료되기 전에 만기가 된 채무를 이행하지 않을 경우 담보재산은 채권자가 소유하며 법에 따라 우선적으로 보상받을 수 있다고 약속했다.