고통측정순서 기술은 한 번에 수십만에서 수백만 개의 DNA 분자를 시퀀싱할 수 있는 전통적인 시퀀싱에 대한 혁명적인 변화이기 때문에 일부 문헌에서는 차세대 시퀀싱이라고 불리며 획기적인 변화를 알 수 있다. (데이비드 아셀, Northern Exposure (미국 TV 드라마), 과학명언) 동시에, 하이 패스 측정 순서는 한 종의 전사 그룹과 게놈을 상세히 분석할 수 있게 해 주기 때문에 심도 시퀀싱이라고도 불린다.
역사를 발전시키다
1 세대 시퀀싱: 1980 년대 중반
전통적인 화학분해법, 쌍탈산사슬 종료법, 그것들에 기반한 염기서열분석 기술을 통칭하여 1 세대 서열분석이라고 한다. 그것은 인간 게놈 프로젝트와 같은 분자 생물학 연구에서 중요한 역할을 했다.
2 세대 시퀀싱: 2005 년에 시작되었습니다.
주로 로씨 454 사의 454 시퀀싱 기술, Illumina 의 Solexa 시퀀싱 기술, Life Technologies 의 이온 급류 시퀀싱 기술을 포함한다. 2 세대 시퀀싱 기술의 가장 두드러진 특징은 한 번에 수십만에서 수백만 개의 DNA 분자를 시퀀싱할 수 있는 고통량이다.
3 세대 시퀀싱: 2008 년에 시작
3 세대 DNA 시퀀싱 기술은 헬리코비오시스의 단일 분자 시퀀싱, Pacific Bioscience 의 단일 분자 실시간 DNA 시퀀싱 기술, Oxford Nano-pore 단일 분자 시퀀싱 기술과 같은 단일 분자 시퀀싱을 특징으로합니다.
현재 고통측정순서는 왕왕 2 세대 시퀀싱 기술로 시퀀싱을 하는 것을 가리킨다.
3 세대 시퀀싱 기술 (단일 분자 검출) 은 읽기 길이, 오류율, 비용이 높다는 장점이 있습니다.
NGS 테스트 플랫폼 비교
일반적인 명사 설명
Reads: 하이 패스 측정 시퀀스 플랫폼에서 생성된 시퀀스 레이블을 Reads 라고 합니다.
참조: 참조 게놈 시퀀스
시퀀싱 깊이: 시퀀싱으로 얻은 염기의 총 수와 테스트중인 게놈의 크기 사이의 비율.
적용 범위: 염기서열이 전체 게놈에서 차지하는 비율입니다.
SNP: 단일 뉴클레오타이드 부위 변이
개체 간 게놈 DNA 서열이 같은 위치의 단일 뉴클레오티드 변이 (대체, 삽입 또는 누락) 로 인한 다형성. 다른 종과 개인의 게놈 DNA 서열에서 같은 위치의 단일 뉴클레오티드는 다르다. 인간 게놈에는 1000 개의 뉴클레오티드 당 1 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP) 이 있을 수 있으며, 그 중 일부는 질병과 관련이 있을 수 있지만 대부분 질병과 관련이 없을 수 있습니다. SNP 는 인류 가계와 동식물계의 유전적 변이를 연구하는 중요한 기초이다.
SNV:
종양 게놈을 연구할 때, 종양에 있는 특정 단일 뉴클레오티드 돌연변이는 SNV(single nucleotide variants) 라는 체세포 돌연변이이다.
인델:
게놈의 작은 조각 (< 50bp) 이 삽입되거나 누락되었습니다.
CNV (복사 번호 변형, CNV): 복사 데이터의 변형입니다.
구조변이체 (SV) 의 중요한 구성 요소로서 게놈 재정렬으로 인해 일반적으로 길이가 1 kb 보다 큰 대형 게놈 조각 복사본 수의 획득 또는 손실을 의미합니다. 그림과 같이 a 는 손실이고 b 는 이득입니다.
SV (구조적 변이): 구조적 변이
염색체의 큰 조각의 변이를 가리킨다. 주로 염색체의 큰 조각의 삽입 (그림 A) 과 누락 (그림 B), 염색체 내부의 한 영역에 대한 반전 및 전환 (그림 D 와 E), 두 염색체 사이의 재구성 (그림 F) 을 포함합니다. SV 의 수는 SNVs 와 indel 보다 훨씬 낮지만 SV 가 영향을 미치는 염기가 더 많습니다. 문헌에 따르면 최대 13% 의 염기가 SV 변화의 영향을 받는다고 합니다. SV 는 질병 위험 및 표현형 변이와 매우 관련이 있습니다.