로스의 454 기술, illumina 의 Solexa/Hiseq 기술, ABI 의 SOLID 기술은 2 세대 시퀀싱 기술의 탄생을 상징한다. 로스의 454 시퀀싱 시스템은 2 세대 시퀀싱 기술 중 최초의 상용화된 시퀀싱 플랫폼입니다.
그 중 Illumina 의 시장 규모는 75% 이상을 차지하며, 주로 Miseq 와 Hiseq 가 있다. 아래? 이 기사에서는 주로 PE(Pair End) 시퀀싱 원리를 소개합니다.
명사:
유동 풀: 시퀀싱 반응의 담체/용기. 1 개의 흐름 연못에는 8 개의 레인이 있습니다.
레인: 시퀀싱반응의 평행 레인, 시약 추가와 용출 과정이 여기서 진행된다.
타일: 각 형광 스캔의 위치는 육안으로 볼 수 없습니다.
양단 시퀀싱: 서열은 4,50bp 길이일 수 있고, 양쪽 모두 120- 150bp 일 수 있습니다.
접합부: 양단 시퀀싱 중간에 감지되지 않은 일부 영역.
색인 (바코드): 레인은 일반적으로 여러 개의 샘플을 측정해야 하며, 각 샘플에는 서로 다른 샘플을 구별하기 위한 특정 시퀀스가 표시되어 있습니다.
순환 풀 구조: 채널에는 각각 60 개의 타일이 있는 두 개의 스트립이 포함되어 있으며, 각 타일은 서로 다른 클러스터를 심고 각 타일은 한 루프에서 네 번 사진을 찍습니다 (베이스당 한 번).
중단 후 끝이 고르지 않고 효소로 채워지기 때문에 현재 서열은 평평하다.
평평이 완료되면 효소로 3' 끝에 특정 염기 A 를 더하고 A 를 더하면 보완쌍의 원리를 이용할 수 있다. 컨버전스를 추가하면 컨버전스는 두 부분으로 나눌 수 있는데, 하나는 시퀀싱에 필요한 프라이머 시퀀스이고, 다른 하나는 라이브러리 구축 및 증폭에 필요한 프라이머 시퀀스입니다.
PCR 증폭을 실시하여 우리의 DNA 샘플 농도가 컴퓨터 요구 사항을 충족시키기에 충분하다.
Reads 1 과 reads2 는 겹치지 않습니다.
유동풀은 유동 DNA 조각을 흡착하는 통로로, 서열분석이 여기서 진행된다. 위에서 구축 된 라이브러리의 테스트 대상 시퀀스는 특정 농도로 미리 구성되어 있으며, 여기를 통과하면 특정 화학 시약 하에서 lane 에 강하게 무작위로 부착되어 위의 짧은 시퀀스와 쌍을 이룹니다. 적재의 결과로, lane 은 떠내려간 DNA 를 흡착하고 표면 위의 다리 PCR 을 통해 증폭할 수 있다.
양단 시퀀싱의 순방향 체인:
Illumina 시퀀싱에 길이 제한이 있는 이유는 무엇입니까?
Hiseq2000 시퀀스 프로그램
시퀀서에는 이중 흐름 풀이라는 두 개의 흐름 풀이 장착되어 있습니다. 고전적인 Hiseq2500 은 한 번에 700-800Gb 의 데이터를 생성할 수 있습니다. 여기서 Gb 는 염기서열의 염기수이며 바이트 수와 다릅니다.
데이터 양 = 단일 읽기 길이 * 단일 읽기 횟수 * 2(PE)
시퀀싱 깊이 = 데이터 크기/참조 게놈 크기
이것은 새로운 이정표이다. PacBio 의 SMRT 와 옥스퍼드 나노공기술사의 나노홀 단일 분자 시퀀싱 기술로 3 세대 시퀀싱 기술로 불린다. 이전 2 세대에 비해 가장 큰 특징은 단일 분자 시퀀싱, PCR 증폭 필요 없음, 읽기 길이, 평균 10Kb- 15Kb, 2 세대 시퀀싱 기술의 100 입니다. 흥미롭게도, 시퀀싱 과정에서 이러한 시퀀스의 읽기 길이는 더 이상 동일하지 않습니다.
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