기조 저장은 저산소분압과 고이산화탄소 분압을 이용하여 생물조직의 산화 활성화를 낮추고 에틸렌의 생성을 억제하며 열매의 호흡 강도를 억제하는 데 효과적이다. 열매의 품질을 유지하고 손실을 줄이며 동해와 생리상해로 인한 손실을 크게 줄여 경제적 효과를 크게 높일 수 있다. 또한 곰팡이의 성장과 번식을 제어하여 쥐의 피해와 곤충의 생존을 막을 수 있다.

하지만 높은 이산화탄소와 저산소분압은 열매의 이상 대사를 촉진시켜 조직 손상을 초래할 수 있다. 어떤 상처는 과육갈변, 조직 해체와 유기산 축적, 산소 농도가 낮고, 많은 열매가 무산소 호흡으로 악취가 나거나 썩는 것으로 나타났다. 또한 대기 저장의 일회성 투입이 높고 과일마다 가스 조건과 온도 조건이 다르기 때문에 창고가 더 많이 필요하다.