현재 호기성 미생물이 하수를 처리하는 방법은 활성 오폐법이다. 활성 슬러지 속의 복합미생물과 폐수 속의 유기영양물은 복잡한 먹이사슬을 형성한다. 이세균과 썩은 곰팡이가 가장 먼저 정화 임무를 맡는데, 세균, 특히 구형 세균이 가장 중요한 역할을 한다. 우수한 활성 진흙을 운영하는 것은 실크균을 뼈대로 하는 구형 세균으로 구성된 세균 미셀이다. 활성 진흙이 정상적으로 작동하면서 세균이 번식하여 원생동물을 키우기 시작하는데, 원생동물은 세균의 초급 포식자이다. 활성 슬러지 중 흔히 볼 수 있는 원생동물은 편모충, 고기 애벌레, 섬모충, 관해파리이다. 활성 슬러지가 성숙할 때 고정 섬모충과 종류가 우세하다. 후생동물은 세균의 2 급 포식자 (예: 로티퍼, 선충 등) 로, 용존 산소가 충분한 경우에만 나타나므로 후생동물이 나타날 때 수질이 개선되고 있음을 나타낸다.