실제로, 침해자는 종종 침해행위로 인한 이윤을 원고의 손실과 비교함으로써 배상액을 결정한다. 그러나 이런 방법은 불확실성이 있다. 왜냐하면 침해자들은 종종 그 이익을 증명할 충분한 증거를 제공하기가 어렵기 때문이다. 따라서 실제로 법원은 침해의 심각성, 침해자가 입은 피해의 정도, 특허의 가치 등과 같은 보상 금액을 종합적으로 평가하는 다른 방법을 사용합니다.
특허 침해에 대한 보상은 침해로 인한 실제 손실과 이익 외에 침해로 인한 합리적인 비용 (법의학비, 감정비, 변호사 비용 등) 을 포함해야 한다. 또 악의적인 침해라면 법원은 배상 금액을 적절히 인상하고 침해자에게 벌금을 부과하는 등 행정처벌도 할 수 있다.
기업은 신제품을 설계할 때 특허 침해 위험을 충분히 고려하여 타인의 특허 침해를 피해야 한다. 특허 침해 분쟁이 발생할 경우 기업은 가능한 한 빨리 분쟁을 해결하고 침해로 인한 불리한 결과를 피하기 위해 적극적으로 조치를 취해야 한다. 동시에 특허권자도 자신의 특허권을 보호하고 자신의 합법적인 권익을 적극적으로 보호해야 한다.