원예식물의 분자 표시는 주로 식물 육종에 쓰인다. 분자 마커를 사용하면 우량종을 식별하고 선별할 수 있을 뿐만 아니라 친본 간의 유전적 관계를 분석하고 유전적 다양성을 유지하고 활용할 수 있을 뿐만 아니라, 분자 표기, 이동, 중합 목적 유전자 등 다양한 부분을 선택할 수 있다. 예를 들면 식물 친연 관계 분석, 품종 등록, 특허 보호, 체세포 잡종 감정, 신종 보호 등이다. 넓은 의미에서 분자 표기는 목표성을 효과적으로 조작할 수 있을 뿐만 아니라 목표성의 유전적 구성에 대한 심층적인 이해를 바탕으로 유리한 유전자를 모아 식물 육종 과정을 가속화할 수 있다. 생명 공학 및 식물 육종 관련 서적을 참조하십시오.