한약조제 알갱이가 의료보험 환급이 없는 이유는 현행 의료보험 정책이 한약환급에 제한이 있기 때문이다. 관련 규정에 따르면, 의료보험은 국가약전 기준에 부합하는 중성약과 일부 특수병종이 필요한 한약조각만 상환할 수 있으며, 한약조제 알갱이는 그 안에 없다. 이는 한약 조제 알갱이와 한약 조각이 생산 공정과 품질 관리에 약간의 차이가 있어 국가 약전 표준에 포함되지 않았기 때문이다. 이에 따라 한약조제 알갱이는 임상 응용에서 어느 정도 효능이 있을 수 있지만 의료보험 환급 요건을 충족하지 못해 당분간 의료보험 환급 대우를 받을 수 없다.