(1)理解問題。知識是行動的先導。從壹定意義上說，商業銀行高級管理層對發展中間業務重要性的認識決定了該行中間業務的發展程度。受體制、視野、理念、思維方式和實踐經驗的制約，國內部分銀行對國際銀行業中間業務快速發展趨勢、利率市場化步伐加快和金融市場全面開放後商業銀行面臨的生存發展壓力、巴塞爾新資本協議即將實施、資本約束對商業銀行資產負債業務的影響、重資產負債業務輕中間業務等認識不足。中間業務仍被視為拓展傳統存貸款業務的輔助手段，對中間業務的思考、研究和投入不多，發展中間業務的主動性和緊迫性不強。
(2)中間業務種類少，手段單壹。經過十幾年的發展，雖然我國商業銀行的中間業務品種有了很大增加，但與外資銀行和市場需求相比，品種仍然較少。目前，我國商業銀行的中間業務主要局限於傳統的結算、匯款、代收代付、信用卡、信用證、匯票等產品，約占中間業務類型的60%。但在利用商業銀行的信息、技術和人才為客戶提供高質量、高水平的服務方面仍有欠缺。咨詢服務、投資融資、衍生金融工具交易等高科技、高附加值的中間業務發展明顯不足，覆蓋面窄，未能形成規模效益；特別是現金管理、項目融資、銀團貸款組織安排、收購兼並顧問等政策允許業務發展水平較低，導致產品較為同質化，缺乏品牌產品和特色業務，個別產品盈利能力和競爭力較弱。2002年的“愛立信叛逃事件”，從另壹個側面反映出，面對不斷變化的客戶需求，商業銀行如果不能提供源源不斷的創新產品，將無法在市場競爭中占據主動，必然導致優質客戶的流失。商業銀行中間業務產品存在的問題，既暴露了商業銀行創新動力和活力不足、產品管理滯後等弱點，也反映了銀行監管中審批程序復雜、審批周期長、監管部門間協調機制有待進壹步完善等問題。
(3)操作不規範，缺乏完整系統的科學管理。目前，國內大多數商業銀行沒有專門的機構對中間業務的發展和運作進行系統管理，缺乏長期的規劃、協調和配合。在操作上，大多數商業銀行僅限於下達中間業務完成計劃，而對於如何加強中間業務發展的組織、提高發展水平，並沒有壹套完善的管理辦法和可行的操作規程，人力、物力、財力投入不足，往往使基層銀行在中間業務市場發展中處於被動局面。另外，中間業務的管理模式多為拆分模式，中間業務的管理由不同部門分別完成。這種分散管理，而且每個部門往往采取不同的管理方式和不同的考核目標和激勵措施，不利於信息溝通，也不利於提高管理效率，不利於形成規模效應，促進中間業務整體發展。
(四)非理性競爭突出，低水平競爭較為普遍。不規範的同業競爭在壹定程度上阻礙了商業銀行中間業務的進展，是壹個亟待解決的問題。隨著中間業務日益成為商業銀行競爭的重要領域，各種行為占據了市場和規模，采取了降低收費標準、不收費甚至不過賬的做法。妳高我低，妳自由，妳自由過賬，嚴重威脅了中間業務市場的發展。最直接的後果就是中間業務量與收入不成比例，銀行賺了很多錢，虧了很多錢。此外，在中間業務的創新上，很多商業銀行奉行“拿來主義”，采取跟隨策略，等其他銀行開發出新產品，再進行復制模仿，跟上同類產品的推出，輔以低價策略，損害了其他商業銀行的利益。
(5)發展不平衡的問題。從情況看，國內銀行中間業務發展水平參差不齊，反差很大。壹是地區間發展不平衡，東部地區發展較快，中西部地區落後；二是大型國有或國有控股銀行和中型股份制商業銀行發展迅速，而小型銀行發展滯後；第三，中資銀行與在華外資銀行差距較大。如果不能采取有效措施解決這些問題，東部地區與中西部地區、大銀行與小銀行、中資銀行與外資銀行之間的差距將繼續拉大，這將不利於我國銀行業中間業務整體水平的提高。(六)對經營效益的貢獻仍然不足。目前，中間業務收入占商業銀行營業收入的比重仍然明顯偏低，對商業銀行整體盈利能力的貢獻仍然有限。2004年，四大行中，只有中國銀行占凈營業收入的14%，其他三家銀行都在10%以下。壹些新興的股份制商業銀行由於資產規模較小，中間業務收入占比可能略高，但總體來說還是比較低的，與外資商業銀行差距較大。
(七)對中間業務風險理解和計量不足。中間業務在幫助銀行提高效率、盈利能力和服務水平的同時，也給銀行帶來了各種風險，如信用風險、市場風險、操作風險、法律風險、聲譽風險和技術風險等，需要嚴格防範。尤其是目前銀行在很多中間業務上還缺乏管理經驗，對潛在風險認識不足。從《商業銀行法》和《商業銀行中間業務暫行規定》界定的中間業務範圍來看，除擔保承諾業務和金融衍生品交易業務外，大部分業務都是低風險業務，但低風險不等於無風險。從過去幾年的監管實踐來看，中間業務的風險主要表現為政策風險、操作風險、關聯風險和聲譽風險。比如與證券公司等中介機構合作推出的個人產品、個人理財產品，銀監會已經接受了各方面的反映，並進行了風險提示。
(8)專業人才和科技支撐不足。中間業務涉及領域廣，知識面廣，需要大量高層次、復合型人才。目前，我國商業銀行在專業人才、技術設備和技術手段等方面對中間業務的發展還沒有足夠的支持。他們缺乏高效的信息管理系統和配套設備，也缺乏熟悉銀行業務、計算機、國際金融、投資、證券等專業知識的復合型人才。部分人員知識陳舊、專業素質低、營銷技能不全、議價能力低，制約了新產品的推廣和中間業務服務質量的提高。