自上世紀90年代向市場經濟轉型以來，雙軌制價格體系逐漸退出歷史舞臺。“價格雙軌制”雖然不再具有合法性，但卻名存實亡。以新的面貌出現在社會生活的角落。根據2006年廣東省的調查報告，廣東省的同工不同酬現象相當嚴重。在壹些國有企業，薪酬分配往往以員工、合同工、臨時工的“身份”為標準，而不是以崗位、技能和業績、對企業的貢獻等個人素質為標準。“同樣壹個司機，有的公司年薪654.38+萬元，有的只有兩三萬元。”(中國青年報)顯然，這種雙軌制的勞動力價格體系在人們身邊普遍存在，甚至已經成為社會矛盾的新聚集點。除了勞動力，國有企業的土地、資金、產權等生產要素也存在不同程度的“價格雙軌制”。以土地為例。在我國，經營性用地實行招拍掛，非經營性工業建設用地實行協議出讓。在非經營性工業用地中，土地的供求是壹種純粹的行政行為，不按市場規律運作。這不僅成為了腐敗的天堂，也造成了國有資產的大量流失。據報道，許多開發區的工業用地經常被用作商業用途，因此，國家每年損失高達數百億元人民幣。
壹方面，大宗商品價格逐漸走向市場；另壹方面，國有企業的勞動力、資本、土地、產權等基本生產要素仍然保持著強有力的行政控制。專家將這種現象稱為“新雙軌制”。顯然，行政力量對要素價格的控制形成了壹個龐大的利益集團，價格扭曲的背後是利益分配的扭曲。如果說舊的雙軌制代價高昂但卓有成效，那麽新的雙軌制最大的受益者就是政府，這是中國市場化改革停滯和猶豫的重要原因。因此，鐘偉認為，政府治理結構的改革已經被推到了前臺。
從生產要素價格的“雙軌制”中，可以衍生出更多的“雙軌制”現象。壹個典型的例子就是司法領域的“同命不同價”。根據最高人民法院的司法解釋，對死者或傷殘者的賠償以人均可支配收入確定，戶口所在地。由於城鄉收入差距較大，城市居民和農村居民的死亡賠償金也相差甚遠。“同工不同價”和“同工不同酬”其實差不多，都是人為的制度造成的。在城鄉二元分割下，同樣的人在編制制度的劃分上被劃分為不同的等級。