이 문제의 역사적 연원은 일본의 한반도에 대한 36 년간의 식민지 통치 기간 동안 수백만 명의 북한 사람들이 일본으로 납치됐고 (당시 일본은 중국 동남아 등에서 청장년 노동력을 많이 납치해 일본으로 근무했다), 그중 약 80 만 명이 일본에서 사망했다는 점이다. 전쟁이 끝난 후 납치된 조선인과 한반도로 돌아오기를 꺼리는 이른바 재일조선인의 법적 지위 문제를 어떻게 처리할 것인가가 양국과 일본 사이의 중대한 외교 과제가 되었다. 일본은 처음에 이 사람들을 일본 시민으로 만들고 싶지 않았다. 이들 중 상당수는 일본인과 결혼해 매우 복잡한' 다국적' 과' 불법' 결혼 (일본 정부는 법적으로 인정하지 않음) 을 형성했고, 이들 중 일부는 한반도로 돌아오면서 일본 배우자를 한국과 북한으로 데려왔다.
당시 북한의 경제상황은 한국보다 좋고 독립 사회주의 국가였으며 한국은 미국에 의존해 완전히 독립하지 않았다 (군대의 지휘권은 아직 미국인의 손에 있다). 그래서 당시 조선은 해외조선인보다 지위가 훨씬 높았기 때문에 일본에서는 조선인들이 한국보다 북한으로 돌아오는 횟수가 많았다 (한일 수교 이후 관련 문제를 처리했다). 일본과 북한은 아직 수교하지 않았고 관련 문제도 완전히 해결되지 않았다. 예를 들어, 김정일 두 번째 아내인 고영희는 아버지를 따라 일본에서 북한으로 돌아왔다. 비록 그녀의 본적은 한국의 제주도였다. 이들이 한반도로 돌아오는 물결은 1950 년대와 1960 년대에 정점에 이르렀다가 점차 줄어들었다.
소위 일본인 납치 사건은 일본의 소위 조선인이 한반도의 최고봉으로 돌아간 후 발생했다. 이 사건의 역사적 근원은 매우 복잡하며, 직접적인 원인에는 여러 가지 버전이 있다. 비교적 믿을 만한 한 가지 주장은 북한의 일부 저급 관리들이 일본에 있는 북한 사람들을 더 많이 동원하여 정부의 신뢰를 얻기 위해 북한으로 돌아오려 했지만 동원이 실패할 때 개인이 납치를 했다는 것이다. 그러나 북한 사람들이 일본인을 납치해 정보요원에게 일본어를 가르친다는 주장은 믿을 수 없다. 36 년간의 식민통치와 전후 대량재일 북한 귀국을 거쳐 북한은 일본어 인재가 부족하지 않기 때문이다.
북한이 일본인을 납치해 아사히 외교 현안이 된 이후 일본 언론은 이 피랍자들의 가족들이 얼마나 고통스러운지, 북한 정부가 어떻게 비인간적인지 집중적으로 보도했다. 그러나 이 사건의 배경과 역사적 뿌리에 대해서는 객관적인 보도가 거의 없다. 이후 이 기간 일본에서 발생한 북한 납치와 관련된 실종사건 (일본 언론이 처음 보도한 북한 특공 납치 사건은 약 50 ~ 60 건, 실종자 200 여 명 포함) 이 일반 형사치안 사건 (북한과는 무관) 에 불과하다는 사실이 확인됐다. 북한 납치사건과 관련된 사건이 8 건으로 확정되어 10 여 명이 관련되어 있다.
사건 자체의 모든 요소를 이해하는 것이 중요하지만 어떤 사건의 발생도 고립된 것은 아니다. 사건 자체를 이해하는 동시에 사건의 역사적 뿌리와 배경을 충분히 이해하는 것도 중요하다