1. 문서 제작에 대한 법적 근거는 다르다. 교도소 기소의견서를 만드는 법적 근거는 우리나라 형사소송법 제 22 1 조, 공안기소의견서를 만드는 법적 근거는 우리나라 형사소송법 제 129 조.

2. 제작주체가 다르고 서명도 다르다. 교도소 기소의견서는 말미에만 도장을 찍고 책임자의 도장은 찍지 않았다. 공안기관의 기소 의견서는 공안국장이 도장을 찍고 공인을 찍는다.