隋唐時期，室韋成為呼倫貝爾壹些部落的居住地，唐代時，室韋被設立為總督辦公室進行管轄。
1206是成吉思汗二哥霍薩爾的領地，黑山頭古城是他們居住的主要城市。
清世宗雍正五年（1727），清政府在埃爾貢河流域設立“噶倫”，統管邊境事務和內政，直至民國。
民國九年（1920）設石圍縣、齊幹行署，民國十年（1921）設齊幹行署為齊幹縣。民國二十二年（1933），偽滿洲國將石圍縣、旗桿縣改為埃爾貢左旗、埃爾貢右旗。民國三十七年（1948）並入埃爾貢旗，人民政府設在三合鎮。
經1966和1時期國務院批準，撤銷埃爾貢旗，單獨設立左、右旗，將1961時期劃給陳巴爾虎旗的三河、上庫裏和拉布達林劃回埃爾貢右旗。1975年，旗政府遷至布拉大林。
1994國務院同意撤銷埃爾貢右旗，設立額爾古納市（縣級），以原埃爾貢右旗的行政區域為額爾古納市的行政區域。