파트너십이 가장 처리하기 어려운 것은 세 가지 측면에 있다. 하나는 기업사무와 파트너의 감정을 어떻게 처리하느냐 하는 것이다. 둘째, 파트너와 자신의 이익의 균형을 맞추는 방법; 셋째, 파트너 간의 권한과 책임을 명확히하는 방법. 이 점들을 알면 합자기업 경영의 관건을 정확하게 이해할 수 있다. 즉, 합자기업 설립 전과 경영 기간 두 가지 다른 시기를 구분할 수 있다. 설립 전에 명확한 헌장을 제정하고, 경영 기간 동안 각 파트너의 권리와 의무, 지분 분배, 배당 방안,' 결별협정' 을 명확히 해야 한다 문제가 있으면 좋은 점으로 생각하고, 규정에 따라 처리하다. 동시에 이익 분쟁에 대해서는 서로 양해하고 양보하여 의심을 피해야 한다.