기업소득세 시행 조례 제 86 조는 기업소득세법 제 27 조 (1) 항에 규정된 농업, 림, 목축, 어업 항목의 소득이 면제되고 감면될 수 있다고 규정하고 있다. 제 102 조는 기업이 서로 다른 기업소득세 대우 항목에 동시에 종사하는 경우, 우대 항목은 별도로 계산하여 기업 기간 비용을 합리적으로 분담해야 한다고 규정하고 있다. 별도로 계산하지 않으면 기업 소득세 혜택을 받을 수 없다. 따라서 농산물 초가공기업이 정부 보조금 소득과 기타 프로젝트 수입을 획득할 때 농산물 초가공수입을 별도로 계산하고 기업 기간 비용을 합리적으로 분담해야 한다. 별도로 계산하지 않으면 기업 소득세 혜택을 받을 수 없다.