1. 기능분업이 명확하지 않다: 공안기관과 감사위원회가 위법사건을 조사할 때 기능분업이 명확하지 않은 경우도 있다.

2. 자원 배정 불균형: 일부 지역에서는 공안기관과 감사위원회 사이에 자원 배정 불균형이 있을 수 있다.

3. 정보 소통이 원활하지 않음: 공안기관과 감사위가 조사 과정에서 정보 소통이 원활하지 못한 문제가 있을 수 있다.

4. 제도가 밀접하게 연결되어 있지 않다. 위법사건을 조사할 때 공안기관과 감사위원회 제도가 맞물리는 현상이 있을 수 있다.

5. 조정 협조가 미흡하다: 경우에 따라 공안기관과 감사위의 조정 협조가 미흡할 수도 있다.