1，行政違法案件由行政部門處理，民事違法案件由人民法院處理，刑事違法案件由公安機關、檢察機關和法院處理；

2.行政主體不平等，民事主體法律地位平等，刑事案件主體由控辯雙方構成；

3.原則上，罪刑法定是對犯罪行為的懲罰原則，而前兩者可以通過協商、和解和調解解決。

《行政訴訟法》之所以將行政協議確定為行政訴訟的受案範圍並通過行政訴訟解決，是考慮到行政協議具有公權力性質，涉及國家利益和公共利益，不同於平等主體之間就各自民事權利義務達成的協議。

民事合同糾紛通過民事訴訟解決，主要是為了平衡糾紛各方的利益，依法、公平、公正地維護雙方的合法權益；雖然行政協議糾紛通過行政訴訟解決，但首先要考慮的是維護國家利益和公共利益。

法律依據

中華人民共和國行政訴訟法

第二十五條具有原告資格的行政行為相對人以及與該行政行為有利害關系的其他公民、法人或者其他組織有權提起訴訟。

有權提起訴訟的公民死亡的，其近親屬可以提起訴訟。

有權提起訴訟的法人或者其他組織終止的，承受其權利的法人或者其他組織可以提起訴訟。

人民檢察院在履行職責中發現生態環境和資源保護、食品藥品安全、國有財產保護、國有土地使用權出讓等領域負有監督管理職責的行政機關違法行使職權或者不作為，致使國家利益或者社會公共利益受到侵害的，應當向該行政機關提出督促其依法履行職責的檢察建議。行政機關不依法履行職責的，人民檢察院應當依法向人民法院提起訴訟。

中華人民共和國民事訴訟法

第八條民事訴訟當事人有平等的訴訟權利。人民法院審理民事案件，應當保障和便利當事人行使訴訟權利，當事人在適用法律上壹律平等。

中華人民共和國刑事訴訟法

第十二條法庭定罪原則未經人民法院依法判決，不得確定任何人的有罪。