1990 년대 이후 법경제학 연구방법에서도 두 가지 다른 학술적 성향이 나타났다. 비주류 법경제학 유파 운동에서 비교분석을 주요 연구방법으로 반성법경제학의 연구 분야와 학과 성격 포지셔닝에 대응하는 학자들도 있다. 이런 견해에 따르면 법경제학은 각종' 공평한' 사회 모델을 둘러싸고 정치와 경제 계보를 통해 서로 다른 사회제도의 법적 안배를 비교하고 분석해야 한다. 맥 로이는 "비교연구로서 법경제학은 법률제도를 특정 정치이념의 반영으로 볼 수 있는 연구 기회를 제공하며, 각종 이데올로기 가치는 현행법제도에서 수정하지 않고 비교할 수 있다" 고 분명히 지적했다. 한편 맥로이는 "법과 경제학의 비교 연구에서 경제철학은 법률, 정치, 사회에 대한 비판적인 분석의 중점이어야 하고, 분석은 특정 정치환경에서 법과 경제의 관계에 초점을 맞춰야 한다. 이런 연구 방법은 법률제도가 경제철학과 어떻게 내재되어 있는지를 평가하는 데 중점을 두어야 한다" 고 강조했다. 비교 분석 연구 방법을 강조하는 학자들은 법경제학 연구에서 신고전 경제 이론과 분석 방법의 응용을 완전히 부정하지는 않지만, 법경제학 연구에서' 제한된 경제학 방법으로 법률을 분석해야 한다' 며 법경제학 연구를' 더 철학적이고 인간화' 해야 한다고 강조했다.