그러나 때때로 인수인이 인수를 거부할 때가 있는데, 이때 소지인이 권리를 얻지 못하면 분쟁이 생길 수 있다. 분쟁에 직면할 때 소지인은 어음관계를 통해 권리를 주장할지 아니면 기초관계를 통해 권리를 주장할지 선택해야 한다.

어음관계란 본질적으로 채권을 통해 어음을 통과하는 구현이다. 기초관계란 거래 쌍방의 대출 관계, 매매 관계 또는 기타 관계이다.

어음관계와 기초관계의 경우 자신의 소송 목적에 따라 어떤 방식을 선택하느냐에 따라 추궁할 수 있다.

어음관계와 기초관계의 관할, 회수 횟수, 시효, 적용법, 항변 이유가 다르다.

상환 청구권자 수에 관한 한, 어음 관계의 상환 청구권자는 수락자와 모든 전신이며, 상환 청구권을 통해 권리자에게 더 많은 보호를 제공하고, 기초관계를 통한 상환 청구권은 계약의 상대성에 따라 권리를 주장할 수밖에 없다.

시효의 경우 어음관계는 인수인과 발행인에 대한 청구권 시효가 2 년, 앞손에 대한 청구권 시효는 6 개월, 앞손에 대한 청구권 시효는 3 개월이다. 기초관계의 추소 시효는 일반적으로 3 년이다.