民國二十六年(1937年),抗日戰爭爆發,智峰前往上海靜安寺居住並寫作。當時,太虛大師隨政府入川。民國二十八年(1939年)再次赴雲南整頓雲南佛教。他經常擔心人手短缺。每當他想起智峰和大翁留在敵占區時,他都感慨萬千。那壹年,大師組織了壹個中國佛教國際代表團,並壹再邀請智峰參加。智峰以其他理由作為辭職理由,主人相當失望。
在抗戰期間,智峰除了偶爾回浙東外,經常呆在上海靜安寺,對佛教的前途持悲觀態度。32年(1943年),他從閩南佛學院畢業,被任命為鎮江焦山定慧寺的監修。定慧寺有嶠山佛學院,東初誌峰應邀在嶠山講學。除了教授佛教,他還致力於翻譯。他翻譯了日文版的《禪宗語錄》,上海普會大藏經中收藏的南傳佛教經典也是根據日文版翻譯的,其中壹些是智峰寫的。
民國三十四年(1945年),抗日戰爭勝利後,太虛大師負責整理中國佛教。民國三十五年(1946年),利用覺山佛學院的地址設備,中國佛教組織委員會開辦了“會議人員訓練班”,匯集了來自九省三市的120多名優秀僧人進行行政培訓。主人特意任命智峰為班主任。此時,智峰對中國佛教復興工作提出了新的希望,並盡力在訓練班工作。同時,他與董楚和壹名法律顧問壹起起草了中國佛教協會的章程和各種規章。