在國際稅收中，現行稅法通常以外國企業在該國是否有常設機構作為是否對非居民業務收入征稅的依據。在電子商務中，互聯網不僅打破了空間界限，也模糊了目前固定經營場所的概念:商家只需要在互聯網上擁有自己的網站和網頁，就可以向全世界銷售自己的產品和服務，沒有現有常設機構的保護，因此沒有征稅的依據。其次，它引起了國際稅收管轄權的沖突。現行的國際稅收管轄權壹般分為居民稅收管轄權和所得來源稅收管轄權。當存在國際雙重或多重征稅時，收入來源的國際稅收管轄權壹般優先。在電子商務中，由於支付方式的數字化、虛擬化、隱蔽化和電子化，交易場所、產品和服務的提供和使用難以判斷，這是收入來源稅收管轄權的失效。但是，如果只片面強調居民稅收管轄權，發展中國家作為電子商務產品和服務的進口國，將會削弱甚至完全喪失對原產於本國的外國企業的所得稅管轄權，由此帶來的大量稅收流失顯然不利於發展中國家的經濟發展和國際競爭。因此，國際稅收管轄權的重新確認已成為電子商務引發的重要稅收問題，值得進壹步深入研究。第三，稅收的國際協調面臨挑戰。電子商務的快速發展增加了商品、技術和服務的全球流動，客觀上要求各國在電子商務稅收方面采取相同的步驟和策略。然而，當前各國稅收征管的差異使得稅收的國際協調面臨巨大挑戰。