学院以市场需求为导向，以发展应用技术教育为主，努力办好与地方特色产业和国 内特色行业接轨的特色专业。现开设有药学院、管理学系、信息工程系、电子与电气工程学系、建筑工程系等5个院系34个专业。 药学院中药护理药品经营与管理中药制药技术药物制剂技术药品质量检测技术药学中药鉴定与质量检测技术管理学系物流管理旅游管理酒店管理营销与策划（超市管理方向）连锁经营管理（商业连锁方向）导游连锁经营管理（医药连锁方向）信息工程系计算机应用技术动漫设计与制作电子商务软件技术（计算机网络方向）市场营销（企业形象设计与办公自动化方向软件游戏信息安全技术电子与电气工程学系电子信息工程技术应用电子技术电子工艺与管理机电一体化技术电气自动化技术药剂设备制造与维护医用电子仪器与维护医学影像设备管理与维护矿山机电 建筑工程学系建筑工程技术建筑装饰工程技术房地产经营与估价室内设计技术 建筑工程系是学院重点建设的系部之一,现开设专业有建筑工程技术、建筑装饰工程技术、房地产经营与估价等专业。专业教师24人，高级职称4人，半数以上具有中级以上职称，双师型教师达80%以上，外聘教师（技术指导专业人士）5人，外聘教授8人,多名教师拥有注册监理工程师、一级建造师等执业资格证书。拥有建筑与环境艺术实验实训中心，中心下设建筑材料实验室、土力学实验室、建筑设备实训室、美术画室、建筑与装饰实训基地以及计算机辅助设计室等。与合肥南巽监理公司、安徽建科监理有限公司、北京百度家装亳州分公司、亳州天韵装饰有限公司等十几家单位建立长期合作关系。
我系以生产一线的工程师和工程管理人员为培养目标，课程设置既强调夯实基础，又立足于市场对人才的需求，注重学生的实践能力的提高和相关能力的拓展。历届毕业生深受亳州市建委、建筑企业、装饰工程公司及社会各界的一致好评和欢迎。
随着中国加入WTO和人们对居住条件、居住环境的要求不断提高以及西部大开发战略的实施，建筑类专业前景将更加广阔。
现开设专业：建筑工程技术、房地产经营与估价、建筑装饰工程技术、室内设计技术。 原名药学系，于2003年7月成立，2010年1月正式更名，是学校最早成立的二级院系之一。成立以来，药学院立足“服务地方经济发展”的办学理念，依托亳州中药资源和中医药文化优势，办学规模迅速扩大，办学特色日趋鲜明。至2012年，***培养从事药品生产、药品调剂、药品质量检测、药品营销等方面工作的高素质、高技能、应用型人才6000多人，为学校特色院校建设和服务区域经济发展做出了显著贡献。
药学院现有在校生3000余人。开设中药、药学、中药制药技术、药物制剂技术、药品经营与管理、药品质量检测技术、中药鉴定与质量检测技术、食品分析与检验、护理等9个专业，其中中药为中央财政支持专业，中药、药学、中药制药技术为省级特色专业。
药学院现有专任教师71人，兼职教师38人，其中教授及正高职称3人，副教授及副高职称10人，讲师及中级职称35人，硕士研究生以上学历37人，省级专业带头人1人，省级教坛新秀2人；设有中药、制药技术、药学综合、药学经济、护理5个教研室。教师队伍学历职称结构合理、业务素质较高、教学经验丰富、科研能力较强，承担省部级以上教研科研课题20多项，主编或参编国家规划教材10余部，每年公开发表教研论文30余篇，承担中央财政支持建设项目2项。
药学院现已建成并投入使用的校内实验实训基地有30多个。其中省级示范实验实训中心2个：中药炮制实训中心和中药制剂实训中心，装备有制备中药饮片炮制、中药提取及中成药片剂、胶囊剂、丸剂、颗粒剂、滴丸剂、口服液等剂型的大型制药机械60余台；药物制剂检测实训中心1个，拥有高效液相色谱仪、气相色谱仪、红外光谱仪等精密仪器；中药标本中心1个，现收藏数千种动植物标本，标本馆正在规划建设中；药用植物园1个，占地面积10余亩，种植药用植物600余品种；中药材栽培试验田8块，***15亩，已投入实训教学。
药学院始终秉承“弘德、笃学、强能、拓新”的校训，坚持“地方性、技能型、开放式、职业化”的人才培养理念，建立并逐步完善了“院校—市级—省级—国家级”药学专业人才技能提升机制。仅2012年，获省级以上技能大赛奖励5项，其中获国家级中药传统技能竞赛个人二等奖1项，集体三等奖1项。
药学院依托亳州中华药都优势，主动参与并积极推进《安徽省（亳州）现代中药产业发展规划（2009-2020）》的实施，坚持走“工学结合、校企合作”之路，现拥有功能多样、管理良好、合作***赢的校外实习实训基地30余家。已与安徽华佗国药厂、安徽济人药业、安徽省药物研究所、上海益丰医药公司、江苏昆山瑞丰百佳惠医药公司、扬子江药业集团等药业企业建立良好校企合作关系，建有“扬子江药业班”、“济人班”、“华佗班”、“瑞丰班”、“益丰班”等订单班。 管理学系成立于2004年，现开设旅游管理、酒店管理、营销与策划、物流管理、连锁经营管理（医药连锁方向和商业连锁方向）六门专业，全日制在校大专学生700人，专兼职教师43人，其中32人为硕士研究生，20人为“双师型”教师，教授1名，副教授5名。至2012年，系内已建有模拟酒店、模拟客房、导游训练、会计、语音室、物流综合实训室、连锁经营实训室等校内实训室10座，设备投入300余万元。管理学系与上海顺丰速运集团、苏州德邦物流、绍兴富临名家实业有限公司、人本集团、杭州开元旅业、南储仓储、华联超市等国内知名企业建立长期合作关系，现有合作企业20余家。2010年，连锁经营管理、酒店管理专业被确定为省级特色专业，物流管理、旅游管理为院级重点建设专业，其中连锁经营管理专业获得中央财政支持建设经费200万元。
秉承“弘德、笃学、强能、拓新”的校训，管理学系高度重视人才培养工作，课程开设涵盖管理、经济、营销、会计财务等专业知识，强化计算机信息技术、英语口语和专业操作能力培养，开展创业培训，辅导学生考取导游、会计、营销师、人力资源管理师、物流师等各类职业资格证。同时，定期举办演讲大赛、辩论比赛、营销策划技能比赛、广告设计和社会实践活动，提高学生综合素质。近两年来，管理学系学生在安徽省职业院校技能大赛和演讲比赛中获奖十余次。截至2013年，管理学系向旅游公司、酒店、物流公司和连锁零售企业输送了两千余名毕业生，许多人已经成长为旅行社经理、星级酒店经理、连锁店店长和企业销售骨干。
现开设专业：旅游管理、酒店管理、连锁经营管理（商业连锁方向）、营销与策划（超市管理方向）、连锁经营管理（医药连锁方向）、物流管理。 信息工程系开设计算机应用技术、软件技术（网络方向）、电子商务、市场营销（企业形象设计与办公自动化方向）、动漫设计与制作、信息安全技术六个专业。教职工29人，外聘兼职教师10人，其中副教授、高级工程师4人，中级职称13人，双师型教师11人，拥有硕士学位14人，在职研究生11人。拥有校内实验实训室14个，其中网络实验室、信息安全实训室、动漫设计机房在同类院校中居于一流水平；与中国软件专业人才培养工程（CSTP）、苏州安博、北京洪恩、北大青鸟、上海全美（ATA）、上海英业达、杭州赢动、亳州青风网络、阜阳诚意、中国电信北京天通苑合作营业厅等10多家国内、省内企事业单位开展合作，为毕业生高质量、高层次就业提供保障。
信息工程系秉承依托地方、行业、市场办专业，加强师资队伍建设、实验实训基地建设、质量监控和保障体系建设，全面落实人才培养目标的知识、能力和素质的培养，最终服务学生、服务地方经济、服务行业、企业的“三依托、三建设、三要素、三服务”的办学理念。高标准，严要求，使学生在掌握专业技能的同时，全方位提升职业素养，实现“一张文凭，多种证书，一技之长，一专多能，品学兼优”的培养目标。
以技能大赛为指导确定教改方向，近两年来，积极参与国家、行业、省级技能大赛并取得了一定成果。全国信息技术大赛荣获国家级二等奖，安徽省级职业技能大赛获二等奖2次，三等奖6次，优秀奖一次。
现开设专业：计算机应用技术、软件技术（计算机网络方向）、电子商务、市场营销（企业形象设计与办公自动化）、动漫设计与制作。 电子与电气工程系开设有机电一体化技术、电气自动化技术、医用电子仪器与维护、医学影像设备管理与维护、药剂设备制造与维修、电子工艺与管理、应用电子技术、电子信息工程技术8个专业，其中电气自动化技术、机电一体化技术、应用电子技术等为校级重点建设专业，医用电子仪器与维护专业为省级特色专业。现有专任教师23人，其中中高级职称17人，博士1人，硕士9人。建有省级医用电子仪器实习实训中心、PLC实训室、电子生产工艺实训室、单片机实训室、电子仿真实验室、电梯控制实训室、自动化生产线实训室、金工实训中心和SMT生产线实训中心等。近两年来，获得国家职业技能大赛“智能电梯安装与调试”二等奖，全国电子设计大赛优秀奖，安徽省级职业技能大赛一等奖2次，二等奖3次，三等奖6次。积极拓宽学生就业渠道，先后与上海英业达集团、广达上海制造城（QSMC）达丰（上海）电脑有限公司、安徽三安光电有限公司、合肥凯邦电机有限公司、亳州联滔电子有限公司等开办订单班.近几年学生就业率达到98%以上，历届毕业生均受到用人单位的欢迎和好评。
现开设专业：应用电子技术、医用电子仪器与维护、机电一体化技术、电气自动化技术、电子工艺与管理、医学影像设备管理与维护、电子信息工程技术、药剂设备制造与维护。 学校现有在校生7300人，其中普通大专生6776人，成人函授本科生近200人，历届毕业生就业率均达96%以上。现有专任教师313人，其中教授1人，博士研究生3人，副高以上职称教师31人，硕士研究生学位及以上教师71人。
学校是亳州市文明单位、安徽省绿化工作模范单位，是“十二五”时期安徽省重点支持建设高职院校，是安徽省高职院校A联盟成员单位，是淮海经济区高职院校协作会理事单位。2011年，学校被评为“安徽省普通高等学校毕业生就业工作先进集体”，并被授予安徽省“红十字先进模范校”荣誉称号。 学院已提出更名的申请，2012年2月21日上午，亳州市举行亳州职业技术学院更名安徽药科职业学院汇报会，接受省教育厅专家组测评，即将更名为安徽药科职业学院。