福州建发和厦门建发的主要区别在于他们的企业性质不同，福州建发是央企，而厦门建发是国有企业。

除此之外，两家公司在其他方面存在一些差异。福州建发在福州开发了多个知名楼盘，如建发国宾府和建发领域，其品牌美誉度较好。而厦门建发集团则在物流管理方面表现出色，达到了最高端的物流管理水平，并在同行中保持数一数二的地位。

总体来说，福州建发和厦门建发在规模、地理位置、产品服务和品牌知名度等方面存在一些差异，但两家公司都在各自的领域取得了显著的成就。