台湾华纳唱片的前身为飞碟唱片，1991年华纳音乐集团来台合资，收购飞碟企业的部分股权，并于1996年完全收购飞碟企业，将飞碟企业的品牌改为“华纳飞碟”（华纳音乐与飞碟唱片并列），但由于原经营团队于1995年因经营理念歧见纷纷离职、另行成立丰华唱片，华纳飞碟在人事变动的混乱情况下，经营业绩及市场占有率在90年代中期一度陷入低迷不振，所属歌手约满后纷纷跳槽或不再续约，华纳飞碟旗下一度呈现仅有郑秀文及郭富城两位指标性知名歌手的窘境。

1998年，曾任科艺年代总经理的周建辉就职华纳飞碟大中华区总裁，开始进行企业整顿，并基于企业形象再造的考量于1999年正式更名为“华纳国际音乐股份有限公司”，更改其企业标志为华纳音乐集团企业标志，原飞碟企业标志正式走入历史。2000年，华纳推出倾全力打造的新人孙燕姿，首张同名专辑市场销售反应热烈，随后更陆续网罗那英、张惠妹、蔡健雅等知名歌手，华纳唱片的业绩及声势在唱片市场一片衰退不景气的情况下逆势止跌回升，重新成为台湾唱片市场的指标公司。

2010年，种子音乐与香港博美娱乐结盟，香港东亚唱片及A Music旗下歌手在台湾、星马地区的代理发行已转由华纳唱片代理，除东亚唱片在台湾以刘德华创立之映艺娱乐名义发行旗下歌手的国语唱片，但在星马地区交由华纳唱片旗下之Music Street/Play Music代理。

2011年，乐华娱乐旗下歌手在台湾地区的代理发行约全数转至华纳唱片。