智能酸奶机下面一层不发酵的原因有温度不均匀、牛奶状态不佳和时间不足，具体原因如下：

1、温度不均匀，在装入乳酸菌和牛奶之前未将酸奶机预热到适当的温度，由于温度分布不均匀导致智能酸奶机下一层不发酵。

2、牛奶状态不佳，由于牛奶状态不佳，过期、变质或者添加了抗生素或生长激素等物质导致智能酸奶机下一层不发酵。

3、时间不足，由于牛奶的发酵时间不够长导致智能酸奶机下一层不发酵。