蛋鸡粪便处理有专门设备，鸡粪中含有70%以上的水分和大量的鸡毛，肉鸡产生的粪便比蛋鸡产生的粪便颗粒纤维更细，处理的时候对设备的要求也更高，在对鸡粪进行深加工前首先必不可少的就是对鸡粪进行脱水处理，也称鸡粪固液分离，鸡粪干湿分离。

鸡粪脱水机通过液下泵或者切割泵把鸡粪抽到设备里，通过螺旋挤压的方式，实现粪便和污水的分离，可以把含水在70%以上的湿鸡粪处理成含水在35%左右的干鸡粪，可以直接装袋，或者简单晾晒、风吹就可以长期保存。

在使用鸡笼饲养蛋鸡时，笼中的粪便可以通过下面方式清理：

养殖实践中，将传统的刮板清粪方式改为用编织袋接粪，省时省力，清洁卫生，减少氨气的发生，增加鸡舍的利用率。其方法是：将旧编织袋用剪刀剪开，卷边缝好，再根据鸡舍的大小，把编织袋接成长方形的布块，将四角扎上四个铁丝钩，用一根细棍挑起一角从笼下径直送往笼的对面挂在笼架上，同法再将另一角挂好，外面的两角直接挂在笼架上就行了。出粪时，将四个钩摘下，将鸡粪向中央抖拢，两手拉住布块的两个角，将整个布块拉出，然后折起四角，将其送往舍外，把鸡粪倒掉。布块经过清理后，可重复使用。以隔3-5天出粪一次为宜。