育苗基质由专业工厂生产，主要原料是草炭和蛭石。各地根据就地取材原则，有混以珍珠岩、腐叶土、稻壳熏炭、菇渣、苇末、椰子纤维、细炉渣和园田土等。

穴盘育苗专用基质要求保水性、通气性好。由于每个穴盘内基质用量很少，易干燥或缺肥，因此，一般都混以堆肥、缓效性肥料或培养土等，能够促进根系发育和保证秧苗生长所需营养，并能减少移栽时伤根。我国一些地区使用肥沃的壤土和腐熟好的优质圈肥，按6∶4比例混合，有草炭土的地区用草炭土加壤土及圈肥按4∶3∶3的比例配制。配好的营养土中每立方米再掺入腐熟粪干20千克，氮、磷、钾复合肥1.5千克，草木灰5千克，50%多菌灵可湿性粉剂80克，80%敌百虫粉剂60克，混合均匀过筛，作为育苗基质。