对于庞巴迪摩托艇换过电瓶后出现发动机故障码的情况，原因可能有以下几个方面：

1. 电瓶不匹配：如果更换的电瓶规格与原电瓶不匹配，可能导致电流不稳定或者供电不足，进而引发发动机故障码的显示。

2. 安装错误：更换电瓶时，如果安装不正确，例如连接方式错误、接线脱落或者接触不良，都可能导致电路故障，进而引发故障码的出现。

3. 电瓶质量问题：如果更换的电瓶本身存在质量问题，例如内部损坏或者电池寿命已经接近结束，可能会导致电能供应不稳定，从而引发故障码的显示。

在解决这个问题时，首先需要检查电瓶的规格是否与原电瓶相匹配，并确保安装正确，确保连接稳定。如果问题仍然存在，可以考虑检查电瓶的质量并进行更换。此外，还可以通过清除故障码或者重置电子控制单元(ECU)来尝试解决问题。如果问题依然存在，建议寻求专业的维修服务来诊断和解决故障。