需要修改的设置有软件充电电流和电压限制、温度阈值和电芯保护。

1、软件充电电流和电压限制：聚合物电芯不能存在高于其标称电压的充电电压，否则会损坏电芯。需要适当调整充电电压和电流的参数限制，使其符合聚合物电池的特性。

2、温度阈值：聚合物电芯的充放电性能受温度影响较大，因此需要设置相应的温度阈值。电芯温度过高或过低，需要停止充放电，以保护电芯和系统。

3、电芯保护：聚合物电芯有较高的能量密度，过放或过充会造成严重的安全问题。因此，在bq40z50中需要设置相应的电池保护功能，确保其在异常情况下能及时切断电源，保证电芯安全。

需要注意的是，不同厂家和型号的聚合物电芯有不同的特性和要求，需要进行特定的设置和调整。因此，建议在使用聚合物电芯前仔细研究其规格和说明书，以确保正确的设置和使用。