性质不同、颜色不同。

1、性质不同。根据查询中国农业网显示，黑珍珠番茄原产南美，在光合作用下自然形成；而糖水番茄是一道以番茄、白糖等为主要原料的菜品，两者性质不同。

2、颜色不同。黑珍珠番茄在未成熟时果实内含有大量花青素，是黑色，得名“黑珍珠”，而糖水番茄是以番茄味原料，有红色、白色等，两者颜色不同。