电解法二氧化氯：即电解食盐生成二氧化氯，因为食盐的价格低廉，因此该方法初期合算，但是存在以下问题：

电解设备后期维护费高昂。电极放电会引起爆槽：电解槽的正负极一般都是从上插入食盐水中，在电解过程中，电解产生的氢气和水蒸汽会含带食盐一道从食盐水中挥发出来，造成液面上的电极结盐，电极间距很小，结盐会造成电极短路、打火花，引起可爆气体爆槽，许多电解法次氯酸钠设备都发生过此事故。而电极棒更换一次的费用差不多就要5000-6000元。

电解法主要生成的是次氯酸钠和氯气，生成的二氧化氯很少，而且容易生成三卤甲烷类等多种致癌化合物。

用电成本高。电流效率低，所用食盐没有可能像电化厂的电解操作一样，先将食盐净化，除去钙、镁、硫酸根等杂质离子，这些杂质离子在电极间反复放电，消耗电能，造成电解过程电流效率很低，用电成本大。

化学法二氧化氯：即氯酸钠和盐酸反应生成二氧化氯，此方法前期价格也较为合算，但有以下缺点：

购买前需审批。氯酸钠和盐酸作为危化品，使用前需要去政府公安部门备案审批，流程复杂。

采购中运输不便。氯酸钠和盐酸作为危险化学品，政府部门管制严格，采购不易，运输也不方便。

采购后存储不便。氯酸钠和盐酸要分两个仓库存储，如果管理不善，发生爆炸，将会造成重大安全事故，给单位造成无法估量的损失。

制备人员高要求。制备过程中设备会生产刺激性气体，制备人员需严格遵循制备流程，人员工作过程中需戴高质量防毒面具。

对制备设备高要求。化学法二氧化氯制备一般采用高纯度二氧化氯发生器，如果设备不达标，在制备过程中混合生产的其他化学物质，极易造成设备爆炸。

制备流程严格。两者反应需要一定的反应时间，而且水消毒过程中对水温、水中Ph值等都有非常严格的要求，一旦稍有误差，就会造成氯酸钠和盐酸的浪费，反应不充分，更容易产生三卤甲烷等“三致”副产物，会对饮用水源造成二次污染，留下了巨大安全隐患。