东莞市区内目前拥有6个长途汽车客运站，分别为：东莞市汽车客运总站、高埗汽车客运站、南城汽车客运站、莞长汽车客运站、榴花汽车客运站以及汽车客运东站。 东莞市汽车客运总站位于城区四环路与新万道路交汇处，主要运营发往佛山、潮州、深圳、珠海以及福建、广西、湖北等省市的长途客运汽车。 高埗汽车客运站位于高埗镇北王中路卢溪管理区沙涡路，主要运营发往广州、肇庆以及福建、河南等省市的长途客运汽车。 南城汽车客运站位于南城区科技路袁屋边地段，主要运营发往佛山、澳门、广州以及贵州等省市的长途客运汽车。 莞长汽车客运站位于东城区莞长路以西，五环路以北，主要运营发往东莞周边城镇以及广西、四川等外省城市的长途汽车。 榴花汽车客运站位于东城区榴花路、莞龙路、石碣大桥出口交汇处，主要运营发往省内以及湖南、湖北等外省的长途汽车。 汽车客运东站东城区五环路以西，东城大道以南，主要运营发往佛山、广州、深圳、珠海以及外省的长途客运汽车。 除此之外，东莞市区周边的城镇还有4所长途汽车站，分别为东莞市常平客运站、东莞市长安汽车站、太平装运客运站以及樟木头汽车站。