一、来源不同

1、明胶是由动物皮肤、骨 、 肌膜等结缔组织中的胶原部分降解而成为白色或淡黄色、半透明、微带光泽的薄片或粉粒。

2、琼脂是由海藻中提取的多糖体。

二、组成结构不同

1、明胶

明胶中水分和无机盐大约占16%，蛋白含量占82%以上。与母体胶原类似，明胶也由18种氨基酸 组成，其中亚氨基酸Pro和Hyp的含量较高。明胶凝胶中的类三螺旋结构主要靠分子内氢键和氢键水合维系，Pro的-NH、Hyp的-OH与其它氨基酸 侧链基团及水分子均可形成氢键，利于类三螺旋结构的稳定。

2、琼脂由琼脂糖（Agarose）和琼脂果胶（Agaropectin）两部分组成，作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯（盐）的非离子型多糖，是形成凝胶的组分，其大分子链链节着1，3苷键交替相连的β-D-半乳糖残基和3,6-内醚-L-半乳糖残基。

三、用途不同

1、明胶用于：

a、蛋糕、冰淇淋、啤酒、果汁等的生产。

b、生物膜材料。国内外研究最多的明胶基膜材料主要是壳聚糖-明胶***混膜、明胶-丝素***混膜、聚乳酸-明胶***混膜以及聚乙烯醇-明胶***混膜等,这些混合材料大大提高了明胶的理化性质,使明胶基高分子膜材料更加具有功能性。

c、医用纤维。利用其他复合材料与明胶进行***混纺丝改善明胶基医用纤维材料力学性能。

2、?琼脂用于果粒橙饮料、果汁软糖、肉类罐头、肉制品、凉拌食品。

百度百科-明胶 （一种大分子的亲水胶体）

百度百科-琼脂 （食品加工用料）