首先，阿克占查贪污波及到地主阶级的利益，也就是广大盐商的利益。

第二，阿克占擅自截留了高家堰的维修款，耽误了河工

第三，乾隆皇帝对收留的是人心，阿克占背道而驰，脑子一根筋，虽然查了不少贪官，但是最终没留住民心，因为江南士子极力维护的是盐商，阿克占却是因为此苦苦逼迫盐官

第四，皇帝是想借此除掉外戚专权，目标是杀国舅高恒，相反对办事利落的和珅比较纵然，至少乾隆认为六次南巡都是和珅安排的，和珅对这位垂老之年的皇帝的作用远大于阿克占这一介武夫，阿克占亦欲板倒和珅，自然就对贵族势力起了挑衅作用

最后，阿克占野心也是比较大，没有收敛，毕竟几次南巡，以及盐引制度都是乾隆皇帝的自己设的事情，如此给这些贪官制造机会的也是皇帝他自己，从而幕后的皇帝要是被阿克占查出，那不是威胁到皇权。