主要区别是，性质不同、组成不同、价值作用不同，具体如下：

一、性质不同

1、低聚糖

低聚糖是一种新型功能性糖源，是面向二十一世纪“未来型”新一代功效食品。

2、低聚果糖

低聚果糖是果糖基生成的蔗果三糖等的混合物。

二、组成不同

1、低聚糖

低聚糖是指含有2-10个糖苷键聚合而成的化合物，糖苷键是一个单糖的苷羟基和另一单糖的某一羟基脱水缩合形成的。它们常常与蛋白质或脂类***价结合，以糖蛋白或糖脂的形式存在。低聚糖通常通过糖苷键将2～4个单糖连接而成小聚体，它包括功能性低聚糖和普通低聚糖。

2、低聚果糖

低聚果糖通常食用的很多水果、蔬菜中均存在。? 蔗糖分子以β-（1→2）糖苷键与1-3个果糖分子结合成的蔗果三糖，蔗果四糖和蔗果五糖，属于果糖和葡萄糖构成的直链杂低聚糖。

三、价值作用不同

1、低聚糖

改善人体内微生态环境，有利于双歧杆菌和其它有益菌的增殖，经代谢产生有机酸使肠内 pH值降低，抑制肠内沙门氏菌和腐败菌的生长，调节胃肠功能，提高人体免疫功能 。

2、低聚果糖

低聚果糖作为被研究最多、应用范围最广的益生元之一，低聚果糖已被证实是唯一同时具有超强双歧因子和水溶性膳食纤维的双生理学特性的全天然配料，在世界范围内被200多个国家和地区政府所认可。

百度百科-低聚糖

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