管理机构不同。乌鲁木齐十二师房产证是指位于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市的十二师地区的房产证，十二师是乌鲁木齐市下辖的一个地区，其房产证由十二师地区的房地产管理机构负责发放和管理，而乌鲁木齐房产证是指位于乌鲁木齐市其他地区（不包括十二师地区）的房产证，乌鲁木齐市作为新疆维吾尔自治区的首府，其房产证由乌鲁木齐市的房地产管理机构负责发放和管理。