编制不同、职责不同。

1、编制不同。卫健委人才交流中心是卫健委负责指导工作的一个事业单位，负责协调全国的卫生健康人才交流工作。工商联人才交流中心是经中央编办批准设立的事业单位（公益二类）。

2、职责不同。卫健委人才交流中心属于卫健委下发工作，而工商联人才交流中心主要是商业工作。