在北京办理港澳通行证需要准备的主要证件包括有效身份证、出入境证件申请表、监护证明（针对未成年人）、在京证明材料（针对非京籍申请人）以及符合规定的照片。

首先，申请人需要提供有效的二代居民身份证原件及复印件。

其次，申请人需要填写完整的《中国公民出入境证件申请表》。此表需如实填写个人信息，包括姓名、性别、出生日期、家庭住址、联系电话等，以确保申请人信息的准确性和完整性。

此外，对于未满16周岁的申请人，还需提交监护证明（如出生证明、户口簿等）以及监护人的居民身份证或护照等身份证明原件及复印件。这是为了保障未成年人的合法权益，并确保其在申请过程中的安全和真实性。

对于在北京工作、学习或居住的非京籍申请人，还需提交相应的在京证明材料，如工作居住证、学生证或暂住证等。这些材料旨在证明申请人在北京具有稳定的居住或工作、学习状态。

另外，申请人还需提供符合《出入境证件相片照相指引》标准的照片。这些照片将用于制作港澳通行证，因此需要确保其质量和规格符合规定。

需要注意的是，根据不同情况，申请人可能还需提供其他补充材料。例如，因私赴港澳的申请人可能需要提供旅行计划、邀请函等相关材料；因公赴港澳的申请人则需要提供单位公函、派遣证明等文件。

综上所述：

在北京办理港澳通行证需要准备的主要证件包括有效身份证、出入境证件申请表、监护证明（针对未成年人）、在京证明材料（针对非京籍申请人）以及符合规定的照片。此外，根据具体情况可能还需提供其他补充材料。在准备这些材料时，请务必确保它们的真实性和完整性，以免影响申请进程。

法律依据：

《中华人民***和国出境入境管理法》

第九条规定：

中国公民出境入境，应当依法申请办理护照或者其他旅行证件。

《中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区通行证管理办法》

第六条规定：

内地公民因私事前往香港、澳门，须向户口所在地的市、县公安局出入境管理部门提出申请。