1.如果永磁除铁器的工作环境恶劣，应定期（一般每三个月一次）打开整机进行检查。整机检查时，应在停机状态下进行。如果有灰尘，应进行清洁，以减少中间继电器触点接触不好、漏电故障或可编程控制器故障。

2.在使用过程中，检查主触头是否松动，以免接触不好。需要注意的是直流输出端，电流很大，需要定期检查。

3.对于PLC参与控制的设备，永磁除铁器的原始位置需要达到条件后才能进行遥控操作。也就是说，遥控启动前，除铁器需要在铁屑位置。遥控器停止前，除铁器需要处于工作位置。否则不能操作。

4.注意电控柜内的电阻。一旦发现，应及时更换，减少因受热严重、损坏几率大而导致故障扩大。

永磁除铁器在使用中还存在很多问题，如除铁器线圈散热与综合寿命的关系、行走车的运行稳定性等