通过破坏鼠类栖息环境，使之不利于鼠生存而预防鼠害发生，是生态学防治的基础。几年来，在河南、山西和内蒙古对该鼠的生态学防治采取以下措施：

1、减少田埂、地头荒角、田头坟地和杂草较多的撂荒地，尽量少留或不留永久性田埂。这些都是该鼠最适栖息地。

2、结合秋灌、秋翻、冬闲整地，破坏该鼠越冬地。黑线仓鼠洞穴一般在地表下20～40cm。在作物生长季节，结合农时进行灌溉，能淹死或造成黑线仓鼠不宜栖息的环境。

3、勤除草，使杂草不能结籽（狗尾草、猪毛菜等草籽，在没有粮食作物时，也是该鼠冬储的食料）；除草不仅对作物生长有利，也能减少鼠的栖息。

4、人工捕挖。当鼠害不严重时，注意动员群众，利用水灌、夹捕、锹挖鼠仓，均可在局部收到明显效果。

5、在秋收季节，采用快收、快运、快打场的方法，减少被鼠盗食机会。

6、加强管理，防止草场退化，可减少黑线仓鼠的数量。在具备灌溉条件的草场，配合施肥、浅耕翻、补播等改良措施，可把草原生态系统维持在良性循环状态，一般不会发生鼠害。