很多专家认为，所有事情的关键是那些酒精。他们认为某个原因使得船长和他的全体船员相信这些货物将要爆炸，因此他们迅速放弃了船。但是货物并没有爆炸，而玛丽·西莱斯特继续航行，从而驶进了历史长河。而船长和全体船员由于缺少食物和淡水，在离岸几百英里的时候就死了。

但所有合理的解释，包括海盗袭击或者遭遇风暴等都被一一排除。最后人们不得不幻想着船员们是不是“被外星人绑架了”，或者“遭遇了大海怪的袭击”。直到今天，“玛丽·西莱斯特”号究竟遭遇了什么仍然是航海史上最著名的谜案。

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