为提高苗木栽植成活率、定植后苗木生长整齐度以及便于苗木的包装和运输，苗木起出后，应按照相应的苗木标准分成等级。一般分成2～3级，但最低级也必须符合当地苗木出圃质量标准。不合格的苗木应留圃继续培养，病虫为害和机械损伤等无继续培养价值的苗木要剔除。

在分级时可对苗木进行适当修剪，然后将苗木每10～50株扎成一捆，分别挂上标签和质量检验证书。苗木标签上应注明树种、品种、砧木、质量等级、株数、苗木质量检验证书编号、生产单位和地址等。

农业部在辽宁兴城和河南郑州都专门设有果树苗木质量检验机构，进行果树苗木质量的监督、检验工作，对于质量合格的苗木可以出具果树苗木质量检验合格证书。