毛耳飞鼠是一种热带型的小鼯鼠，一般成对夜间活动，无冬眠习性黄昏即出洞寻食。主食多种植物的嫩枝、树叶、花芽和果食，如榕树果、芒果等。

毛耳飞鼠多以树洞为穴，巢的结构颇精致，分为三层，外层及巢底用枯树枝编成，中层是用一种浅白色干枯枝的长纤维织就，内层是头发状的纤维絮系牢，不易折散，巢直径约20厘米，椭圆，巢顶部尚有遮掩体。