1、要合并计征个税。

根据《中华人民***和国个人所得税法实施条例》第八条，“工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。”您说的基本工资和补贴，除非是国税发[1994]89号文和其他文件里列明的免征项目，不然要合并到工资薪金所得中计征个人所得税，您这边一***5000元，如果扣除个人负担的三险一金之后超过了3500的费用扣除标准的话，会产生个税。

2、怎样申报缴纳。

看追问您应该是任职受雇的人员，那么您的任职单位是代扣代缴人，个税的申报是在实际发放的次月申报期内（苏州一般15号，遇节假日顺延），合并上个月的工资、薪金所得申报个税。顺便回答一下您的追问，个人所得税税前允许扣除个人负担的三险一金，实习期的话要看企业有没有给您交，一般可以到社保网站上凭身份证查询实际缴纳情况。

希望对您有帮助。