市发展与改革委员会 市经济和信息化委员会

市住房和城乡建设委员会 市科学技术委员会

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市司法局 市财政局

市人力资源和社会保障局 市国土资源局

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市安全生产监督管理局 市投资促进委员会

市金融发展办公室 正在筹建中…… 市环境保护局

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市交通运输局 市农业委员会

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市卫生局 市体育局

市人口和计划生育委员会 市民族宗教事务局

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市政府外事办公室 市政府法制办公室

市市级机关事务管理局 市国有资产监督管理委员会

中央和省垂直管理的部门

市国家税务局 市地方税务局

市气象局 南京烟草专卖局

南京盐务局 南京海事局

中国人民银行南京分行营业管理部

市政府派出机构

南京市高新技术产业开发区管理委员会 南京市经济技术开发区管理委员会

南京市仙林大学城管理委员会 南京化学工业园管委会

其他单位

市信访局 市保密局

市档案局 市供销合作总社

市公积金管理中心 市地方志编纂委员会办公室

中山陵园管理局 雨花台烈士陵园管理局

河西指挥部 地铁指挥部

红花机场建设指挥部 市地震局

无线电管理委员会 市国资集团

市城建集团 市交通产业集团