游戏开始，先选择男／女主角，再替主角改名
一开始你会身处于真新镇家中二楼，先从计算机拿出伤药一个（加HP 20)
然后出家门，向上行到草堆，遇见大木博士，他会带您到研究所，然后请从桌上选择精灵（三选一）
选完后，小茂会选择克你属性，并跟你对战。
打赢之后，走出研究所，再往北方走到常磐市内，到商店去，店老板会给你一样东西。
回到真新镇，去研究所跟大木博士讲话，他会给你宠物小精灵图鉴。
跟小茂姊姊（右上方民宅），会给你地图。
在去上方的村庄，现在可以买精灵球（200元）可收服宠物小精灵。
注意：如果你往西走，到22号公路，会遇见宿敌强制战斗
请往上方走，会遇到一名老伯，得到电视机一部，继续向北走会到达常磐森林。
常磐森林内有许多昆虫类宠物小精灵，运气好还可以遇到皮卡丘，之后你会到达深灰市。
到达了深灰市，先补血，去打道馆吧！
这关道馆是岩石系的。
GYM1
场主：小刚
使用属性：石系
小拳石 Lv.12 男
大岩蛇 Lv.14 男
上方研究可花50元可进去参观
到右边起程，见一名博士，得跑步鞋(B+方向键）
往右边走，中途有些训练家，打败他们吧！
到达月见山，进去前先去宠物小精灵中心补血。
月见山内可遇到以前尚未遇过的精灵，像「皮皮」等…
内侧可以得到一些道具，也会有许多训练家！
到达最内侧，打赢一个训练家，可以拿一个化石。（左边是化石盔，右边是菊石兽）
出去月见山吧！
出了洞窟，再向东走，到达华蓝市。
先提升等级，去挑战第二个道馆，
GYM2
场主：小霞
使用属性：水系
海星星 Lv.18 无性别
宝石海星 Lv.21 无性别
胜利后，可得技03。
先补血，训练好精灵，之后上城市上的桥，见宿敌
对战宿敌：
比比鸟 Lv.17 男
克你的精灵 Lv.18
XXX（忘了） Lv.16 男
小拉达 Lv.15 男
对战完后得Voice Checker（可记录一些训练师的有关资料）。
之后继续上桥对战，转右到尽头入屋
走到海边小屋，先和屋内皮皮谈话，再操作计算机以帮助皮皮恢复成人类——正辉，他会给你船票；之后可以观看宠物小精灵伊布、雷精灵、水精灵和火精灵的图鉴。
接着请回道馆从后面的房屋进去，和火箭队对打，打赢得到技28（挖洞）
在往下在，中途会有饲育屋，可养育宠物小精灵，需要花钱。
往地下通道走，走出后到达6号道路。
往下走则到枯叶市。
枯叶市中，有一间屋子（PC左边），有个人会给你烂钓竿。（只能钓到鲤鱼王）
PC内问一女子（在柜台前），会得到Battle Searcher，用来搜索哪些已战胜的训练员想再挑战你
去宠物小精灵俱乐部（GYM上方）问大叔拿交换卷，回到浅蓝市的脚踏车店可换脚踏车 ．
去港口坐船——圣安奴号吧！ （提示：船上第一层上排右二的房间可医疗精灵 ）
在船上有些训练家，房间里有些很好的道具，紧的要拿，因为此船打完便会离港口
走到二楼，会与宿敌对战。
之后去船长房间拿秘传招式01（砍树）。
离开船，见船离去
拿到砍树以后就可以到此市的道馆去。
进去后，馆主在一道电池门后，调查场馆那些桶子会有反应，需连续两次调查到正确的，馆主的门才会打开。 （先调查一个，如果对了，先存盘，然后另一个就在附近，试错了的话，重新开机再试第二个即可）
GYM3
场主：马志士
使用属性：电系
霹雳弹 Lv.21 无性别
皮卡丘 Lv.18 男
雷丘 Lv.24 男
打完请到城市上方问一名研究员，然后去地鼠洞穴（在城市东边），进去后亦可抓一些地鼠，出去洞穴后往下走，利用砍树，到达一间大屋，问一名研究员，可得到秘传招式05（闪光）（ 条件是你最少要收服10只宠物小精灵 ，曾拥有或进化亦计算在内，而相同的精灵只计算作一只） 。
然后，返回华篮市（GYM2，在枯叶市上方），将城市东边的树砍倒，向东行，到达最东边，有一个宠物小精灵中心，旁边是黑暗洞窟。 而下方的无人发电厂，等学会了游泳再去，内有闪电鸟。
进入黑暗洞穴请使用闪光来照亮。
通过黑暗洞窟，向南行，即可到达紫苑镇，此村庄有一栋很大建筑物是宠物小精灵骨灵塔，先别进去，向西走，到了一间有地道的屋子，穿越后可到达彩虹市。
彩虹市有一间大型百货公司，可以购得许多重要道具，有多余钱的话，不妨补给一下。
注意，城市中有一栋大厦有后门，进入并上到顶楼可以获得稀有精灵伊布！
先别心急去金黄市，你必须先处理火箭兵团事件
到城市右下方，到达一间饭店，问里面的一名男子可得钱币袋，用来在游戏中心玩游戏
到城镇里的游戏中心（红色，很抢眼的），里面有很多人玩游戏机，行到右上，发现火箭兵团成员观看一张海报
与他战斗，战斗完后调查海报，发现右方有秘道
进入后一直落去B4楼，与左上方的人战斗
战斗完后他会给你升降机锁匙
回B2楼，过方向地板（请用你的智慧），乘升降机到B4楼的另一面，与门口的两名火箭兵团成员战斗
门打开，先存档，再与沙加老大战斗，小心，他实力颇高
获胜后，记得执拾地下的精灵眼镜，以进入紫苑镇骨灵塔之用
乘升降机回B1，与最后一名团员战斗，离开波子机中心，此时GYM门前已经没有人挡路，可进入去战斗
GYM4
场主：莉佳
使用属性：草系
大食花 Lv.29 女
长藤怪 Lv.24 女
霸王花 Lv.29 女
获胜后，请你到紫苑镇骨灵塔，打倒塔上的精灵－嘎拉嘎拉（只准打倒），以获得精灵之笛唤醒挡路的卡比兽
进入紫苑镇故灵塔，二楼会遇见宿敌，强制进入战斗！
对战宿敌：
比比鸟 Lv.25 男
蛋蛋 Lv.23 男
XXX Lv.20 男
克你的精灵 Lv.25
暴鲤龙 Lv.22 男
一直上，遇见嘎拉嘎拉(LV.30)，不能捕捉，只能打倒它
打倒嘎拉嘎拉后，上楼梯，与几名火箭兵团成员对战后，与伯伯谈话
你会回到他家，再一次与他谈话，得到精灵之笛，现在你可以用它来唤醒挡在12号道路及16号道路的两只卡比兽，如在战斗时使用精灵之笛，双方的精灵均可解除睡眠状态
现在，尽情去捉卡比兽吧！你便可以继续上路了！
建议你用彩虹市西边的16号道路到达浅红市
先到16号道路，暂时别唤醒卡比兽，先砍上方的树，再转左通过关卡进入一间屋
在屋内问小女孩，得秘传招式2号（飞行）
安装后你便可以飞到你曾到过的城市PC门前，不要再辛苦地辗转来回了！
现在，返回刚才卡比兽的地方，存档，在卡比兽面前按A掣，用精灵之笛唤醒它(LV.30)
捕捉后，一直继续沿左方，通过关卡
然后你会到达单车径，请先确认你已经拿了单车（自行车）并且在身上
由于这是斜路，很快你便到达了浅红市
注意：若你是从紫苑镇经木桥来 到浅红市的话，中间有一间屋，可得高级鱼竿
而在浅红市右下房屋可得中级鱼竿
第五间GYM里面有一些带白点的隐形墙
GYM5
场主：阿橘
使用属性：毒系
瓦斯蛋 Lv.37 男 X2
臭臭泥 Lv.39 男
双蛋瓦斯 Lv.43 男
小心敌人用自爆及小心己方精灵中剧毒
战斗完后，到浅红市最北的屋（要用砍树），进入野生原野区。进入这里你可以见到很多新的精灵，但值得注意的是你每次进入要付款500圆，而且每次只能在园内移动六百步，当你过了六百步便会强制离开。
进入的目的是为了得到秘传机器03（冲浪）及寻回假牙，以换取秘传机器04（推石）
请多来数次熟习环境，因为拿秘传机器03的屋子及拿假牙的地方都很偏远，假牙是在拿秘传机器03的屋子附近地上的一个精灵球！
拿到冲浪，你便可以在精灵世界中任何水域游泳，到达更多神秘地方，例如可到无人发电厂捕捉闪电鸟、到双子岛捕捉急冻鸟（需要秘传机器04）、到红莲岛挑战场主夏伯等等！
拿到假牙后，到城市中PC右边的屋内，问里面的伯伯，便可得到秘传机器04（推石），使你可以移动方形棕色的岩石！
飞回彩虹市，到PC左边第一间高楼大厦，问地下的婆婆，得一杯茶
然后向东走，守卫便让你过路了，欢迎来到金黄市！
先补血，再进入城中最大座的火箭兵团基地——西鲁夫大厦
过关关键是拿锁匙，锁匙在五楼的东南偏南方向，用你的智慧吧！
提示：注意转移地板的特性
拿了锁匙后，到三楼中左位置的房间，用锁匙开门，踏转移地板，到七楼左上角，见宿敌，强制对战。
对战宿敌：
大比鸟 Lv.37 男
蛋蛋 Lv.38 男（可能不同）
XXX Lv.35 男
克你的精灵 Lv.40
暴鲤龙 Lv.39 男
战胜后，问下面的男生可得乘龙(Lv.25)
踏转移地板，到十一楼，与火箭队和老大板木战斗吧！
战胜后，问最上的伯伯可得大师球，这球可100%成功收服任何精灵，非常珍贵，只此一个，故此切勿乱用！
离开后，到PC补血，然后可以到金黄市最右下的屋内得到招式29（精神念力），然后去挑战金黄场馆吧！
你亦可以先到左边的格斗场馆拿沙瓦郎（左边）或艾比郎（右边）（每只Lv.25，二选一），再去挑战金黄场馆。
进场馆后，踏转移地板，以逆时针方向踏即可到场主面前（重点在于到达场馆左上角密室，再踏左下转移地板）。
GYM6
场主：娜姿
使用属性：超能力系
XXX Lv.38 男
吸盘魔偶 Lv.37 女
XXX Lv.43 男
XXX Lv.38 女
获胜后可得招式04，然后，去红莲岛吧！
用飞行飞至真新镇，向南方游泳，到红莲岛。
上岸后，先到PC补血，并用飞行飞到深灰市（小刚那个城），行至城市的右上角，用砍树，进入博物馆的另一头。
进入博物馆后，与站在石的左边的那个研究员谈话，得化石飞龙的化石。所以，你手上现时***有两个化石。
然后，飞回红莲岛，进入左下方的研究所内的最右边房间，和研究员谈话，先选一个化石交给他，出去，再入房，可得一只化石精灵，如此类推多一次，两只古代化石精灵就到手了！（每只均是Lv.5）
然后，你要去GYM左边的大屋拿场馆锁匙，重点在于屋内石像。
进去先上一次楼梯，然后走到左上角上楼梯，上！
然后，经过一番转折，到达某层楼右下角，你会发现有两个空位可以跳楼的（前面有个四眼训练员），跳左边那个空位。之后，继续调查石像开动机关（要调查两个），场馆锁匙就在这层楼左上角的那室台上，祝阁下好运！
提示：带有锁匙的那层楼，地板与其它层数不同
拿到锁匙，可用逃脱绳或调查同层楼中间房的石像，落一层楼用出口离去（请多试试观察环境！）
离开后，先补血，然后，你可以正式挑战场主夏伯了！
这岛场馆是属于火系，特别的是这场馆你不用与每个手下决战，只要答对每卡墙上的问题便可省去战斗
答案如下：
第一关卡：是
第二关卡：否
第三关卡：否
第四关卡：否
第五关卡：是
第六关卡：否
过了关后便可正式与场主挑战！
GYM7
场主：夏伯
使用属性：火系
卡蒂犬 Lv.42 男
小火马 Lv.40 男
烈焰马 Lv.42 男
风速狗 Lv.47 男
请小心威力大的大字爆！
战胜后可得招式38（大字爆）
橘子群岛篇
一出场馆，你便会被人拉去上船，到达橘子岛1。这人会带你到PC，并且正辉出现，给你更新图鉴及地图。
由于他俩失去了一件配件，使三个岛上的PC计算机不能使用，故此，你暂时不能在这三个岛用计算机。
这世界有七个岛，野生精灵等级也提升不少，更加重要的是可捉火焰鸟！
首先，要从岛一上面的温泉山洞，跟山洞中上位置的伯伯谈话，得到秘传招式06（碎岩），可以破开一些棕色碎石。然后，继续向上行，用游泳游到最上的小岛，再过山洞就有火焰鸟可以捕捉！(Lv.50)
捕捉成功后，用飞行飞回岛一，坐船到岛二，上岸后到最右的民居，问一名男子(入到去跑来跑去那个)
他会要求你去岛三森林救他的女儿。
请坐船到岛三，这时阻在岛上的单车党会与你战斗，要与四／五名党员对战，建议先补血
对战完后，党员离去，问该两名男士可得补血道具
然后，直行转左，过桥，入森林
在森林左上方草堆见小女孩，与她谈话
素利拍 突然出现，收服／消除Lv.30的素利拍
成功救出女孩
你会回到二岛的民居，再问该名男子，可得配件
返回岛一PC，与正辉谈话，任务完成
最后，你将会返回红莲岛，继续完成第八个胜章及挑战五大天王。
你可以由枯叶市(GYM3)码头坐船来回橘子岛1、2或3
用飞行回常磐市，现在可以进入第八间道馆
场主就在道馆左上角
GYM8
场主：板木
使用属性：地面系
铁甲犀牛 Lv.45 男
三地鼠 v.42 男
尼多后 Lv.45 女
尼多王 Lv.45 男
铁甲暴龙 Lv.50 男
胜利后可得招式26
之后去PC补血，然后，你就可以去挑战五大天王，从常磐市左边2号道路前进，见宿敌，战斗。战斗完后继续行，见一座红色大屋，进入，一直沿路行，中途有很多守卫检查胜章，是正常的。经过一番游水，你会进入一个山洞，此山洞重点是你要推石掩埋白色开关，以及推一只石落山洞唯一一个缺口，再跳落缺口，推那只石掩埋白色开关，助你过山洞，请用智慧及时间，加油！过完此山洞就到达石英高原，可以挑战五大天王，进入最后阶段了！
你已经到达石英高原，五大天王在眼前
第一位天王：科拿
第二位天王：希巴
第三位天王：橘子
第四位天王：渡
冠军选手-小茂（你的宿敌）
战斗胜利后，你会返回真新镇，但未算是破关。
而且仍未能收服超梦，不能传精灵至蓝宝石／红宝石
你还要去橘子四、五、六、七岛处理一个秘密！
到达需求：
已经收服了到60只宠物小精灵
然后找大木博士升级图鉴
去四大王王，发现不能进去挑战
于枯叶市乘船，去橘子群岛1的PC问右边机器前的男士
去捉火焰鸟的山顶，一入去转右见到2名火箭兵团成员，突然多了一个洞
同2名火箭兵团成员战斗，入去找一粒红宝石（要推石），在二楼首次出现金银精灵，到深处发现很多排点字，再下楼梯，见红宝石一粒，拿走它。注意一下，在同层墙壁上亦出现了点字！
找到后返回
现在，于岛一码头可坐船到岛四、五、六、七，完成！
在橘子四、五、六、七岛，每个岛均相隔甚远
橘子四、五岛属第三区域
橘子六、七岛属第四区域
来往每个区域须要于码头乘船，在同一区域内可用飞行来往
在橘子四、五、六、七岛，你会多次遇上宿敌，但不用战斗。最令人鼓舞的，是终于有金银版精灵出现了，而且可以随意收服！
岛上大部分地方的背景音乐亦转为熟悉的金银版音乐！XD
而岛上训练员大多都是用金银版精灵，而且等级很高（普遍都是Lv.50左右）
超梦+R/S联机篇
为什么战胜五大天王后仍不能收服超梦？又不能与R/S联机？
首先，到岛4，在最右边洞里得到秘传招式07（冲瀑布），之后从一开始进来的瀑布处爬上去,有个洞
进去后见四天王之一的科拿及火箭兵团成员，与火箭兵团成员对战
然后去岛6南边，在最南边的山洞点字门前用砍树打开秘道
进去后，跳面前的洞，然后，跳最上边的洞，跳下你会发觉和刚才的地方一样，不紧要，接着跳最左边的洞
然后跳最右边的洞，接着跳最下边的洞
就可以到达了，发现蓝宝石，但被人抢去，
然后到岛5最右下角的火箭兵团仓库，现在能进去了
经过一番努力，找到刚才抢宝石的博士（右上方），战胜他，得到蓝宝石，回去岛1PC交给站在机器前的人，现在可以与蓝宝石／红宝石对战／传输，亦能进超梦梦山洞了！
提提你：你要在山洞里用上招式06（碎岩）及招式03（冲浪），建议带备逃脱绳作离开用。
超梦山洞结构非常复习，要多花功夫熟习路线，而且像迷官一样，很多楼梯，很多死路，小心被混淆！
建议花多些时间熟习路线！
超梦在地底三楼一个台上
只此一只，一定要收服它喔！
超梦速度很高
超梦 Lv.70 无性别
（用金手指：超梦洞 02031CF0:4A01 ）
注意：当你处理完橘子群岛，成功拿了蓝宝石及红宝石，可以收服超梦的话
四大天王挑战大门就会重开，而且实力会加强，等级高了很多
而且会使用金银精灵，有时间可去挑战一下！
收服超梦完，继续橘子群岛之旅
回到岛5，在左上角岛上问一名男子可得波克比的蛋（需有一个空位）
现在，请您找一名女子，向右走，游至不归洞穴，这是一个很奇怪的洞穴，一上楼梯若不依次序走，永远会回到同一层楼（留意清楚登山男子该层其实上下左右有四个洞！）
找到一名女子
战斗完后会回到她的家
到岛6左上角的鬼怪洞穴，发觉是空的
到岛7，北边是战斗塔，有时间可进去挑战
在岛7向南边走，经过桥及一些草堆，在中途分叉路往左走，草堆旁边发现山洞，进去用智慧将七只石推到七个洞坑上，开动机关
提示：别让石头位置欺骗及不要贪方便，请先推最近入口的两只石到洞坑，亦请暂时勿急着移动一些石头，以留空位给自己过路。
成功后，机关已开，离开山洞，往最南边游泳，发现八个遗迹。因为你已经开了机关，所以现在你进去可遇到像英文字母的精灵No.201未知图腾(Lv.25)，总***28只！
岛4 02031CF0:3A10
岛5 02031CF0:3A12
岛6 02031CF0:3A17
岛7 02031CF0:3A18
岛8 02031CF0:0002
岛9 02031CF0:3a02
超梦洞 02031CF0:4A01
船 02031CF0:1F00
直接打第4天王 02031CF0:4E01
回家 02031CF0:7E02
忘了？ 02031CF0:7B04
出不去的房间 02031CF0:0A17
02031CF0:3A0b
02031CF0:0112
进不去的房间 02031CF0:0A19 4
天王门口 02031CF0:2A03（没徽章也可以打4大了）
那大师球的地方 02031CF0:3A00
抓火焰鸟的地方 02031CF0:6A00
无人洞 02031CF0:7A01
通信站 02031CF0:0100 02031CF0:0000
第8会馆 02031CF0:0105
主角学3招的地方 02031CF0:0028