学院现有“光电子器件与系统教育部重点实验室（深圳大学）”和“广东省光电子器件与系统重点实验室”省部级实验室。有设施先进、功能完善、配套齐全、总面积达8200平方米的现代化实验大楼，实验室实际使用面积2400多平方米，其中包括1200平方米的百级和万级净化实验室。实验室有完备的电子级超纯水制备系统、各种特殊气体输送系统等辅助设施。

实验室在定位上，以满足国家重大需求为根本，开展原创性基础研究，服务地方经济建设。

实验室面向基础研究，为生物医学诊断提供新理论、新方法和新手段。在X射线相衬成像的关键技术、核心器件及系统研究方面取得了一系列具有自主知识产权的研究成果。生物光子学的研究已达到国内领先水平，研究成果在国际上有重要影响。

实验室也为未来产业的发展提供新原理和新技术。由实验室研制成功并转让公司批量生产的任意波形能量负反馈激光焊接机已出口美国、日本和德国等国家，2011年总产值达到1.5亿元。以三维成像与造型为基础的现代化数字商城和虚拟博物馆正在与公司合作实现产业化。在半导体照明、柔性显示和太阳能利用方面的研究，为提升我国相关产业提供新材料和新技术。

实验室承担各类项目200余项，合同总金额9060万元。2012年度新立项科研项目52项，其中包括国家级项目11项，国家军工项目2项。到账经费达到2986万元，超过前两年到账经费的总和。

2012年获国家自然科学基金重大仪器专项和重点项目各1项。其中，重大仪器专项获批研究经费900万元，重点项目获批研究经费310万元。此外申请科技部重大科学仪器设备开发专项“高精度光梳相干成像分析仪的应用与工程化开发”并获得资助，总经费5650万元，实验室承担“光梳痕量分析的器件”的研究，研究经费1230万元。

实验室先后与英国国王学院、美国Clemson大学、美国纽约州立大学、波兰科学院、香港中文大学、香港大学、大连理工大学、华南师范大学等国内外10余所著名高校和科研机构开展合作研究，或联合申请科研项目，人员交流30人次以上。此外还举办国际学术会议6次，派出65人次参加36次国际国内学术会议，在国内外重要会议上做学术报告33次。有效提升了学院对外开放与学术交流水平。

学院承担国家级科研项目28项、省部级科研项目58项，科研经费总额超过4900万元，先后研制成功各种光电诊断系统、系列精密激光焊接机，并在生物医学光子学、光学信息处理、光电子材料与器件等研究方面取得重要进展。

深圳大学光电工程学院成立于2006年8月，她与深圳大学光电子学研究所实行院所合一，资源***享，教学与科研互相促进，创办教学科研并重型学院。光电工程学院下设光学工程系、仪器科学与技术系、光电子技术科学系等三个系和教学实验中心。拥有测控技术与仪器本科专业、光学工程博士点和光学工程、物理电子学、电路与系统3个硕士点。今已经申报光电信息工程本科专业，还将申报光电子技术科学本科专业。按照规划，光电工程学院将设立三个本科专业、五个硕士点、两个博士点和一个博士后流动站，形成本科—硕士—博士的完整人才培养体系。