两种激光在输出的激光特性以及晶体的物理和化学特性存在区别。

1、输出激光的特性：

Nd：YAP激光输出的是线偏振光，这使得特别适合于带有电-光盒或者谐波发生器的固体激光器，以获得高效率激光输出。此外，它发射的1.34μm波长激光比Nd：YAG晶体的1.32μm波长激光在激光医疗应用中有更大的优势。水和人体液组织对1.34μm激光的吸收高于1.32μm。

Nd：YAG激光发射的是红外线波长为1064nm的激光。

2、晶体的物理和化学特性：

Nd：YAP晶体的激活物质是正交晶系结构，具有高功率和高效率的特性。这种晶体可以产生连续的或脉冲的激光，其1.079μm激光阈值和输出效率与Nd：YAG晶体的1.064μm相近，而1.34μm激光输出效率高于Nd：YAG晶体的1.32μm。

Nd：YAG晶体的激活物质是钇铝石榴石晶体（Y3Al5O12），其Nd原子含量为0.6~1.1%。这种晶体也可以产生连续的或脉冲的激光，但其发射的激光波长为1064nm，不同于Nd：YAP晶体。此外，Nd：YAG晶体的泵浦灯主要使用氪气（krypton）或氙气（Xenon）灯管，泵浦灯的发射光谱是一个宽带连续谱，但仅少数固定的光谱峰被Nd离子吸收，所以泵浦灯的能量使用率偏低。